Zijn afscheid van het militaire toneel was echter niet definitief. In 1941 werd hij door de Duitse bezetter overgehaald om zijn medewerking te verlenen aan de oprichting van het Vrijwilligerslegioen Nederland. Wat bracht een gepensioneerde Nederlandse luitenant-generaal ertoe om de Duitse oorlogsvoering te steunen?

Al in 1934 had Seyffardt er geen geheim van gemaakt dat hij sympathieën kende voor het fascisme. De luitenant-generaal schreef artikelen in het NSB-blad 'Volk en Vaderland' en was zelfs korte tijd lid van deze beweging. Het is nooit duidelijk geworden wat Seyffardt voelde toen op 10 mei 1940 het Duitse leger de Nederlandse grens overschreed. Kort na de capitulatie meldde Seyffardt echter dat hij 'een veranderd inzicht' had gekregen en hij sprak van 'een in mij plaats gehad hebbende evolutie'. De luitenant-generaal was onder de indruk geraakt van de plannen van de Duitse bezetter. Een maand na de capitulatie werd Seyffardt weer lid van de NSB. Deze keer koos hij echter voor een geheim lidmaatschap. De ex-generaal had altijd al een grote haat jegens het communisme gekend. Verder was hij allesbehalve een voorstander geweest van de vooroorlogse bezuinigingspolitiek. Aangezien de NSB met betrekking tot deze beide punten een gelijksoortig standpunt innam, kwam Seyffardt vermoedelijk terecht bij de beweging van Mussert.

Op verzoek van Reichskommissar Seyss-Inquart werd vermoedelijk op 3 juli 1941 voor het eerst contact gezocht met Seyffardt. Nadat Seyffardt positief had gereageerd op het voorstel om een puur Nederlandse vrijwilligersformatie naar het Oostfront te zenden, werd de luitenant-generaal buiten dienst bij Seyss-Inquart op de thee gevraagd. Op 8 juli spraken de beide, eveneens in aanwezigheid van Rauter en Schmidt, over de plannen. Seyss-Inquart vroeg Seyffardt om Befehlshaber van het legioen te worden hetgeen door de laatstgenoemde positief werd beantwoord. Daarnaast deed Seyffardt toezeggingen om zich eveneens in te zetten voor de werving van Nederlanders. De aanstelling van Seyffardt was geen toeval. Waarom koos de SS voor Seyffardt?

Het op te richten Vrijwilligers Legioen moest zoveel mogelijk een Nederlands initiatief lijken. Met de aanstelling van Nederlandse kaderleden en met de invoering van diverse Nederlandse en NSB symbolen (prinsevlag, wolfsangel) en uniformstukken hoopten de Duitsers de schijn te wekken dat de Nederlanders zich meldden voor een nationale formatie in plaats van een eenheid van de Waffen-SS (wat het in werkelijkheid wél was). De aanstelling van Seyffardt moet ook in dit kader gezien worden. Een succesvolle Nederlandse officier als Seyffardt was zoals deze later zelf zou ondervinden niets meer dan een lokmiddel. Ook Seyffardt wist (nog) niet dat 'zijn' eenheid in werkelijkheid een formatie van de Waffen-SS was.

De taken van Seyffardt begonnen op 10 en 11 juli 1941 toen hij de volgende oproep deed (op de 10e met affiches en op de 11e in de pers) aan de Nederlanders om de wapenen op te nemen tegen het communisme en voor het Legioen te tekenen:

Nederlanders,

Begrijpt dit, bevrijdt u van de onvruchtbare verstarring der "afwachters". Er valt niet meer te wachten want de beslissing is gekomen!

Ik roep u allen op, vrijwilligers, in de eerste plaats hen, die reeds in het wapengebruik geoefend zijn, officieren, onderofficieren en manschappen van het Nederlandse leger, voorts allen, die bereid zijn hun dienst in het belang van ons vaderland te geven.

Nederlanders! Bewijs nu dat gij die naam waard zijt en meldt u met opgave van uw dienstgraad, troepenonderdeel en nadere bijzonderheden omtrent uw kundigheden aan bij een der bureaus van het Vrijwilligerslegioen Nederland.

's-Gravenhage, 10 juli 1941.
H.A. SEYFFARDT,
Luitenant-Generaal b.d.
Oud chef van de generale staf.

Een pand aan de Koninginnegracht te Den Haag diende als hoofdkwartier. Van daaruit zou Seyffardt de werving moeten coördineren. Inmiddels had Arnold Meyer, de aanvankelijke 'initiatiefnemer' en leider van het Zwart Front een andere weg ingeslagen. Meyer vertrouwde het zaakje niet en was bovendien door een massaal verloop van zijn aanhang gedwongen om een ander pad in te slaan. De NSB daarentegen had de bezwaren laten vallen en haar volledige steun aangeboden. Leider Anton Mussert zag het Legioen als een toekomstig Nederlands leger en trachtte door middel van het laten toetreden van veel NSB'ers daar zijn controle over te verkrijgen. Vanaf 11 juli 1941 riep Mussert zijn aanhang op om dienst te nemen bij het Legioen.

Inmiddels begon ook Seyffardt nattigheid te voelen. Aanvankelijk leek de bezetter woord te houden. De Duitsers stelden overste Stroink aan als frontcommandant van het Legioen en maakten daarmee hun belofte aan de oude Seyffardt waar. Dit was meteen ook de laatste keer dat de bezetter zijn afspraken met betrekking tot het Legioen nakwam. Op 6 juli 1941 las de Befehlshaber tot zijn grote schrik in de krant dat vrijwilligers voor het Legioen zich konden melden op Stadhouderslaan 132 in Den Haag: het adres van SS-Ergänzungstelle 'Nordwest'. Daarnaast bemoeide ene SS-Hauptsturmführer Karl Leib zich in toenemende mate met de oprichting van de eenheid. Seyffardt protesteerde, maar vond bij niemand gehoor.

De verwachting dat de persoon Seyffardt voor een grote toestroom van vrijwillgers en vooral ook Nederlandse officieren op gang zou brengen, bleek onjuist. Slechts enkele tientallen Nederlandse officieren waren bereid toe te treden tot het Legioen. Ook waar het ging om de gewone vrijwilligers liep het bepaald geen storm. De facade van een geheel Nederlands Legioen, door de SS opgetrokken, werkte maar gedeeltelijk.

Het waren vooral de NSB'ers die op grote schaal gehoor gaven aan de oproep om in het Legioen tegen het bolsjewisme ten strijde te trekken. De pogingen van Mussert om vat te krijgen op het Legioen door zoveel mogelijk NSB'ers toe te laten treden vielen bij Seyffardt echter niet in goede aarde. Van een werkelijke NSB invloed op de gang van zaken rond het Legioen is overigens nooit sprake geweest. Het was en bleef de Waffen-SS die de touwtjes stevig in handen had.

Seyffardt behield deze functie tot 6 februari 1943 toen hij overleed aan zijn verwondingen die hij de dag ervoor op was gelopen toen leden van een verzetsgroep hem in zijn eigen huis neerschoten.